Groenkeur geeft drie bedrijfscertificaten uit: Boomverzorging, Dak- en Gevelbegroening en Groenvoorziening. Deze bedrijfscertificaten zijn gebaseerd op de internationale kwaliteitsnorm ISO 9001: 2015. Deze norm geeft aan dat het kwaliteitsmanagementsysteem van het bedrijf van hoog niveau is. Aanvullend zijn er per certificaat extra eisen geformuleerd op het aspect van vakbekwaamheid, veiligheid, wijze van werken en duurzaamheid. De drie bedrijfscertificaten worden onder accreditatie afgegeven.
Aanvullend op de BRL Groenvoorziening is de Add-on Kleurkeur ontwikkeld voor het ecologisch beheren van bermen en groenstroken.
Daarnaast geeft Groenkeur één productcertificaat uit: Groenkeur duurzamere Boomkwekerijproducten. De richtlijn kent bovenwettelijke eisen op het gebied van milieu en traceerbaarheid.
Groenkeur heeft voor een aantal ambachten ook persoonscertificaten in beheer voor Boomveiligheidscontrole, Dak- en gevel begroening, Ecologisch beheren onder Kleurkeur en de conditiemeting 2767 groen.