Het bestuur is eindverantwoordelijk voor alle activiteiten van Stichting Groenkeur. Het bestaat uit zes leden en komt zes maal per jaar bijeen. Het bestuur van Stichting Groenkeur heeft de volgende samenstelling:
Ineke Mastenbroek
Onafhankelijk voorzitter
Peter Koop
Vertegenwoordiger Dak- en Gevelbegroeners & penningmeester
Reinald van Ommeren
Reinald van Ommeren
Vertegenwoordiger Groenvoorzieners
Henk Werner
Vertegenwoordiger Boomverzorgers
Arnoud Oortwijn
Vertegenwoordiger Groenkeur Boomkwekerijproducten
Djorn Noordman
Vertegenwoordiger opdrachtgevers